برخلاف نسخه های گذشته که داستانی یکنواخت داشتن این نسخه از بازی های Total War با نام Warhammer II توانسته است در حالت تک نفره داستنی بسیار جذاب با حوادث و اتفاقات متنوع را داشته باشد.

داستان بازی برمیگردد به هزاران سال پیش که هیولایی به نام نژاد باستانی وارد سرزمین Warhammer می شود و با نیرو های آن سرزمین وارد جنگ میشوند و در بنا به لایلی دروازه ها از بین میروند و ارتش Chaos در سرتا سر جهان پخش می شوند.

دو قهرمان با نام های Aenarion و Caledor موفق به شکست دادن این نیروی تاریک Chaos می شوند و مجبور میشوند این نیرو را با استفاده از طوفان همیشگی به نام Vortex این نیرو را همیشه از این سرزمین دور کنند اما آن ها موفق نشدند به طور کامل این نیرو را دور کنند و با وجود vortex باز نیرو های Chaos  از سرزمین Choas باز میگستند.

پس از مدتی Vortex ضعیف شد و نژاد ها برای درست کردن آن به آن منطقه بازگشتند.

اما نژاد های Dark Elf و Skaven ها برای به دست گرفتن کنترل Vortex شروع به جنگ با دو نژاد دیگر یعنی High Elf و Lizardmen ها کردند.

شما در این بازی باید یک نژاد از این 4 نژاد را انتخاب کنید و با مدیریت خود بتوانید از بقیه ی نژاد ها جلو بزنید و کنترل Vortex را به دست بگیرید.

شما در این بازی باید به در آمد خود نیز بیاندیشید. شما در این بازی باید با تجارت برقرار کردن با سایر نژاد ها و ساخت و ساز بنا های اقتصادی در آمد کسب کنید و از این را ارتش و ساختمان های خود را تقویت کنید.

در این بازی هر نژاد برتری و ضعف هایی نسبت به سایر نژاد ها خواهد داشت به عنوان مثال زره های الف ها بسیار بهتر است از همین رو آنها کمتر آسیب میبینند ولی هزینه ی ارتش ان ها زیاد است. اما Lizardmen ها ارتش ارزان و با تعداد زیاد دارند.